Az alapításra Magyar Chemikusok Egyesülete néven 1907. júniusában, Budapesten az Akadémia utca 3. sz. alatti épületben, 40-50 fő lelkes kémikus részvételével került sor Fabinyi Rudolf akadémikus, kolozsvári egyetemi kémiaprofesszor elnöklete alatt. Az Egyesület az első rendes közgyűlését, az alapítást követően másfél év múlva, 1909. március 28-án tartotta.
A Magyar Chemikusok Lapja folyóirat, egyben, mint az Egyesület hivatalos közlönye 1910-ben indult. Az alapító 45 fős taglétszám 1910-ben 146 főre emelkedett és 1913-ban elérte a 220 főt, amely az országban abban az időben vegyészként dolgozók egyharmadát jelentette.
Az I. és a II. világháború eseményei ellenére az Egyesület mindig megújult, a szakosztályok száma az 1950-es évekbeli 8-ról, a 2000-es évekre 30-ra gyarapodott. A hazai vegyipar ugrásszerű fejlődésével a taglétszám is dinamikusan növekedett. Nagyon fontos szerepük lett az úgynevezett területi szervezeteknek és munkahelyi csoportoknak.
Napjainkban az Egyesület négy kiadványt gondoz, a havonta megjelenő Magyar Kémikusok Lapját és vele együtt a Havi Közlemények programújságot, a negyedévente megjelenő Magyar Kémiai Folyóiratot (MKF) és az évente öt alkalommal megjelenő Középiskolai Kémiai Lapokat (KÖKÉL).

Részletesen: Móra László - Liptay György, A Magyar Kémikusok Egyesülete, Történeti áttekintés (Természet Világa 136.évf. 2005. I. Kémia Különszám)

Az MKE elnökei az alapítástól napjainkig:
Fabinyi Rudolf (1907-1920)	Kohner Adolf (1920-1926)	Pfeifer Ignác (1926-1941)	Széki Tibor (1941-? )	Gróh Gyula (1941-1945)
Csűrös Zoltán (1945-1949)	Erdey-Grúz Tibor (1949-1952)	Bognár Rezső (1952-1953)	Szabó Gergely (1953-1957)	Schay Géza (1957-1972)
Mezei Barna (1972-1981)	Inczédy János (1981-1990)	Náray-Szabó Gábor (1990-1996)	Kálmán Alajos (1996-2007)	Mátyus Péter (2007- )